La comuna de Pumanque fue creada por decreto del 13 de septiembre de 1901, con el territorio de la subdelegación homónima, integrante hasta entonces de la comuna de Paredones, en el departamento de Vichuquén, provincia de Curicó. La municipalidad entró en funciones el 3 de mayo de 1903.
En 1904, al crearse el departamento de Santa Cruz, pasó a integrarlo.
Temporalmente, entre mayo y septiembre de 1927, los servicios comunales de Pumanque fueron atendidos por la junta de vecinos (municipalidad) de Lolol.
La reforma de 1928 suprimió la comuna de Paredones, anexando su territorio a la comuna de Pumanque. Además, se trasladó el departamento de Santa Cruz a la provincia de Colchagua.
Por ley del 15 de septiembre de 1934, la comuna de Paredones fue restaurada, segregando su territorio de Pumanque.
Al crearse el departamento Cardenal Caro en 1973, pasó a integrarlo.
La «regionalización» de 1976 determinó que la comuna pertenece a la nueva provincia de Colchagua.